近年來，一些流域積極開展橫向生態(tài)保護補償試點，取得了階段性進展，但總體上看，這項工作仍處于起步階段，缺乏有效的合作平臺，聯(lián)防共治的長效機制尚未真正建立，一定程度上影響了流域生態(tài)環(huán)境治理的成效。
要按照黨中央、國務院決策部署，強化政策引導和溝通協(xié)調(diào)，充分調(diào)動流域上下游地區(qū)的積極性，加快形成“成本共擔、效益共享、合作共治”的流域保護和治理長效機制，使得保護自然資源、提供良好生態(tài)產(chǎn)品的地區(qū)得到合理補償，促進流域生態(tài)環(huán)境質(zhì)量不斷改善。
補償機制的基本原則是，流域上游承擔保護生態(tài)環(huán)境的責任，同時享有水質(zhì)改善、水量保障帶來利益的權利。流域下游地區(qū)對上游地區(qū)為改善生態(tài)環(huán)境付出的努力作出補償，同時享有水質(zhì)惡化、上游過度用水的受償權利。流域橫向生態(tài)保護補償主要由流域上下游地方政府自主協(xié)商確定，中央財政對跨省流域建立橫向生態(tài)保護補償給予引導支持，推動建立長效機制。
2020年，各省區(qū)域內(nèi)流域上下游橫向生態(tài)保護補償機制基本建立；在具備重要飲用水功能及生態(tài)服務價值、受益主體明確、上下游補償意愿強烈的跨省流域初步建立橫向生態(tài)保護補償機制，探索開展跨多個省份流域上下游橫向生態(tài)保護補償試點。
2025年，跨多個省份的流域上下游橫向生態(tài)保護補償試點范圍進一步擴大；流域上下游橫向生態(tài)保護補償內(nèi)容更加豐富、方式更加多樣、評價方法更加科學合理、機制基本成熟定型，對流域保護和治理的支撐保障作用明顯增強。